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通过基因克隆和序列测定，获得了地木耳、发菜和葛仙米的16S rRNA序列。以集胞藻为外类群，采用邻接法（NJ）和最大简约法（MP），对14株念珠藻的16S rRNA基因序列进行系统发育分析，两种方法得到的系统发育树基本一致。结果显示：（1）三者间的遗传距离（0.0129-0.0261，平均值0.0203）均大于普通念珠藻的种内遗传距离（0.0007-0.0118，平均值0.0074），超过了种内差异程度，在系统树中这3种念珠藻分别聚簇在不同的分支上；（2）地木耳、发菜和葛仙米与裂褶念珠藻等其它7种念珠藻间