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以永瓣藤基因组DNA为模板，通过单因子、双因子实验研究了ISSR反应体系中主要成分（Mg^2＋、dNTP、引物、模板DNA、TaqDNA聚合酶）以及热循环参数（退火温度、循环数、变性时间、退火时间、延伸时间）对扩增结果的影响，并找出各自的最适条件，建立了适合永瓣藤ISSR分析的反应体系和扩增程序，即在25μL反应体系中，内含1×PCR buffer、1．5mmol／L Mg^2＋、200μmol／L dNTP、0．5μmol／L引物、50 ng模板、2U TaqDNA聚合酶。扩增程序为94℃预变