海峡两岸产业合作是提升各自技术创新水平的重要途径,然而现有文献缺少对两岸技术创新效率的深入比较及影响因素分析。本文运用数据包络分析(DEA)的方法测度2000—2013年中国大陆26个省市和台湾地区的综合技术效率、技术进步以及Malmquist指数,分析海峡两岸技术创新效率的差异及变动趋势,并对外商直接投资、人力资本、对外依存度、制度因素、人均GDP增长率等指标与综合技术效率、技术进步以及全要素生产率(TFP)的关系进行了实证检验。研究结果表明:台湾地区综合技术效率普遍高于大陆各省市水平,但大陆各省市综合技术效率呈不断上升趋势,并且多数省市的全要素生产率增长率与技术进步高于台湾,海峡两岸间的技术创新效率存在收敛趋势。大陆各省市综合技术效率呈现出区域差距明显的特点,东部地区综合技术效率高,中西部地区综合技术效率则较低。影响两岸技术创新效率的因素中,非国有企业在经济发展的影响力上升有利于技术创新效率的提升,人力资本是影响技术进步和全要素生产率最重要的因素,对外贸易有利于技术创新效率的提升,但人均GDP增长速度和实际利用外商直接投资对技术创新效率没有显著影响。