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当前我国农业面源污染问题比较严重，农业面源污染发生在农业和农村区域，没有明确排污口，主要借助降雨或排水将地表存留的有机物、肥料、农药等带入水体。改革开放以来，农业（种植业、畜牧业和水产养殖业）的集约化程度不断提高，客观上带来了化肥、农药、农膜等农用外部投入品使用量的增长以及畜禽粪便、秸秆等农业废弃物的增加。同时，由于农村公共卫生基础设施长期滞后，日益增多的农村生活垃圾、生活废水不能得到及时、有效处理。这些问题都给农村生态、农业生产、农民生活带来了负面影响。