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基于国家主体功能区划的自然保护区被界定为禁止开发区域,必然要对其科学有效地实施生态补偿。如何协调自然保护区生态保护和社区社会经济发展之间的关系,是目前自然保护区研究学者、决策者和社区共同关注的问题。建立有效的生态补偿机制是自然保护区取得生态保护和社区社会经济发展的关键。从生态补偿主体、客体、标准、方式等方面,进行自然保护区生态补偿机制框架的设计,提出完善自然保护区生态补偿的具体建议。以福建省戴云山国家级自然保护区为例进行实证研究,以期为构建可行性的自然保护区生态补偿机制提供参考。