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【目的】为了明确新疆不同厚皮甜瓜品种采后腐烂的主要病原菌种类。【方法】采用经典微生物分离方法对西州密17号、金龙、水晶绿甜瓜常温条件下自然发病的果实进行病原菌的分离,结合ITS序列鉴定及多样性分析,探讨不同甜瓜品种间采后病原菌的种类及群落特性。【结果】甜瓜采后的病害真菌有镰刀菌(Fusarium)、青霉(Penicillium)、链格孢(Alternaria)、曲霉(Aspergillus)、色二孢属(Diplodia)、灰霉属(Botryotinia)、丝核菌属(Rhizoctonia)7个真菌属。多样