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随着经济和社会的迅速发展，高校越来越重视科学研究工作，学校主持的科学研究项目越来越多，科研经费已逐渐成为高校财务管理的重点。但在现实的科研经费管理过程中，由于科研经费管理制度的不完善和管理措施的不规范，对经费管理的认识空缺等原因的存在，使得高校科研项目经费管理存在诸多问题，本文分析了高校科研经费的使用和财务管理中存在的问题及作出的几点思考，建立合理高效的科研经费管理体制，加强对科研项目经费的管理，提高资金的使用效益，以确保高校科研工作的持续发展。