目的开展手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学和流行病学系统研究,以满足我国对HFMD防控的迫切需求。方法建立并完善覆盖全国范围的HFMD三级实验室监测网络体系,将研制的针对我国HFMD防控所急需的系列组合检测和监测技术推广应用到各省、市级实验室,开展全国范围内的HFMD病原学检测和流行病学监测工作。结果通过连续多年、系统的HFMD病原学和流行病学研究,结果显示,肠道病毒71型(EV-A71)在HFMD病原的构成比例与当地出现重症和死亡病例的多少呈高度正相关;证实C4基因亚型是我国EV-A71引起的HFMD流行的绝对优势本土基因亚型,同时依据C4基因亚型的变异变迁规律,将其进一步划分为C4a和C4b两个进化分支,EV-A71C4a和C4b的更替与2008年之后我国HFMD重症和死亡病例增多密切相关;在此基础上,完成了EV-A71灭活疫苗种子毒株的筛选;同时,阐明了我国HFMD流行特征及规律,揭示了健康人群中EV-A71和CV-A16抗体水平及变化趋势;解析了我国HFMD病原谱构成,发现多种肠道病毒可引起HFMD疫情暴发,且不同年代和地区HFMD病原谱构成存在动态变化。结论本研究是国内外唯一连续多年针对HFMD开展系统病原学监测和研究的项目。对我国HFMD防控,保护我国儿童生命健康有非常重要的科学意义。