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腺样体和扁桃体疾病在儿科人群中具有很高的发病率。腺样体肥大与分泌性中耳炎（OME）有关，扁桃体肥大与复发性扁桃体炎（recurrent tonsillitis，RT）和阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA）有关。腺样体和扁桃体菌群在上呼吸道各种感染性和非感染性疾病的发生发展中有重要作用。以往对腺样体和扁桃体菌群多样性的分析主要是基于培养，因此不能提供完整的微生物多样性评估。不依赖培养的基于16S核糖体RNA编码基因（16S rDNA）的高通量测序技术近年来被用于确定腺样体和扁桃体表面和组织内的微生物群，使人们能够更深入地认识腺样体和扁桃体菌群。本文介绍了测定腺样体和扁桃体菌群的技术，并总结了应用这些技术的相关研究结果。