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目的 分析云南省不同感染来源间日疟原虫环子孢子蛋白(Pvcsp)基因序列,揭示当地Pvcsp基因的种群结构和遗传多样性. 方法 收集中国疾病预防控制中心传染病网络直报系统中2014-2017年报告的云南省本地和输入性间日疟病例流行病学资料及血样.提取血样中疟原虫基因组DNA,巢式PCR扩增并测序.采用MEGA 5.04、Arlequin 3.5.2.2软件进行单倍型、期望杂合度(He)分析,DnaSP 5.10计算核苷酸多样性(π)、同义置换率(Ks)、错义置换率(Ka)及群体间遗传分化指数(Fst). 结果 共检测间日疟病例血样969份,扩增获得650～750 bp大小的目的条带759份,包括云南本地感染者血样39份、非洲16份、缅甸688份、老挝13份、柬埔寨2份、巴基斯坦1份.单倍型分析结果显示,759条Pvcsp基因序列存在90个单倍型,其中29个为PV-Ⅰ型温带族(类似VK210型),50个为PV-Ⅰ型热带族(类似VK210型),11个为PV-Ⅱ型(类似VK247型);3种基因型所占比例分别为51.4％ (390/759)、41.1％ (312/759)、7.5％ (57/759),分布于云南本地感染、缅甸输入性病例中,但非洲、老挝及其他地区的输入性病例只表现为PV-Ⅰ型.PV-Ⅰ型、PV-Ⅱ型氨基酸序列突变分别发生在29、10个位点.759份病例血样的He为0.224,π为0.075,Ka/Ks为0.48.除去柬埔寨和巴基斯坦,Pvcsp基因在老挝输入性病例中的遗传多样性最高(He=0.422,π=0.03),云南本地与非洲输入性病例中的遗传分化最高(Fst=0.082),与缅甸输入性病例的遗传分化最低(Fst=0.002);Pvcsp基因在非洲与东南亚地区输入病例中属中等程度的遗传分化,在东南亚地区输入病例中遗传分化很小. 结论 云南省不同感染来源间日疟原虫环子孢子蛋白基因存在3种基因型,以PV-Ⅰ型温带族为优势虫株,不同基因型的种群结构和遗传分化不同.