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多序列比对问题是生物信息学中尚未解决的一个NP完全的组合优化问题。通过对重新组装的空位矩阵进行遗传操作来实现最优比对,设计了一个新型的基于GC-GM的多序列比对穷举遗传算法。从BAliBASE比对数据库中选取了一些比对例子进行了模拟计算,并与Clustal W算法进行了比较,实验表明该算法是有效的。