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基于委托代理理论,研究引入公平偏好理论,并考虑知识共享因素,构建了横向公平偏好和纵向公平偏好下考虑知识共享的利益分配模型,并分别在信息对称与信息不对称的不同状态下进行了分析。结果表明伴随高校和科研院所（学研方）公平偏好程度以及知识共享边际产出增加,产方（企业）收益和产出分享系数提高,显示了公平偏好和知识共享对于协同创新利益分配的有效性。