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针对科技企业孵化器运营水平难以科学定量评估的问题，提出了基于粗糙集和RBF神经网络的R—RNN孵化器运营水平评价模型。基于孵化器运营工作原理的归纳分析，提出多层次孵化器运营水平评价指标体系。根据指标重要程度采用粗糙集理论对评价指标进行预处理，去除冗余指标项，选取重要控制指标并减少网络输入维度，进而采用RBF神经网络对科技企业运营水平进行综合评价。最后通过具体的应用实例验证了该评价模型的有效性与可行性。