东阿阿胶在原料基地模式的探索上曾走了不少弯路，从最初由公司自己买地种植饲料养殖，到上屠宰场全部都做过，但因达不到规模导致亏损。
　　秦玉峰透露，公司位于甘肃定西、平阳、庆阳等地的屠宰场基本上已经关闭，这是投资决策的错误。
　　而李世忠透露，公司最原始的基地模式建于2002年，企业买地，种苜蓿，然后圈养驴，最后却都亏损。因为要盖驴圈，还要给饲养员开工资，同时还有运营成本，导致成本太高，这个模式无法实施。
　　自2006年开始，东阿阿胶改为与当地政府合作，由地方政府在当地建养殖基地，东阿阿胶承诺只负责收购，这种亦有矛盾，因为地方政府认为东阿阿胶做的太少。
　　此后，东阿阿胶聘请了清华大学的商业模式专家进行探讨。专家建议公司把政府、农民和公司三家联合起来，用农业的专业组织来运作，就是现在的农业专业合作社。后来才形成了现在的基地加合作社加农户这种模式，自2008年下半年开始采用。
　　李世忠认为，农民自己种植的秸秆没有成本，人工也不算成本，再加上合作社的技术和相应的配套扶助措施以及合作社的资金，对农民、企业和政府来说都是有利的。与当地合作一般要求政府首先要把驴产业纳入当地的经济产业之一；其次要出台扶持政策。整个建基地的模式由政府推动，市场拉动。
　　在基地的影响和示范之下，也带动了当地屠宰户跟企业的联合，因为前些年东阿阿胶建基地只是在进行战略布局，在这个过程中开始一点点显现出它的作用来。
　　目前，东阿阿胶的原料基地分布在山东（无棣、德州）、云南大理、新疆（和田、伊犁、温宿、岳普湖）、内蒙古（赤峰巴林左旗、通辽古扎鲁特旗）、辽宁（阜新、朝阳）、河北承德、甘肃（定西、镇远、高台、庆城、华池）。
　　内蒙古赤峰算作东阿阿胶的一个完整原料基地，2011年供应了2万多张驴皮。该基地从繁育场、养殖场、示范站一直到屠宰场、生产厂，再到驴皮的处理，驴皮的储存仓库都是完整的产业链，只是没有阿胶生产环节。
　　而无棣基地这边缺了屠宰和生产环节，主要是种源，也有一部分养殖网络。有很多村子是专门为东阿阿胶繁育种驴的，但是一般阿胶所用的原料驴在无棣为数不多。
　　李世忠表示，目前东阿阿胶在云南基地驴的养殖量也不是很大，因为云南驴的存栏量很小，而且云南的驴个头也很小，东阿阿胶在那里只是一个战略布局，表明东阿阿胶在西南也有控制基地。
　　“真正供应驴皮量比较大的地方是靠西北和东北。西北主要是新疆、陕西、甘肃和宁夏，东北主要是蒙东、辽西和吉林。公司在东北现在有四个基地，即赤峰、阜新、朝阳和通辽，覆盖到东北90%以上的市场。东北的战略布局的点已经没有问题了。”李世忠说。
　　东阿阿胶内部资料显示，辽宁阜新市自东阿开始建立基地、与当地政府合作强力推动驴产业之后，驴存栏量的年增长率比之前增加了3.5%。
　　李世忠表示，公司2012年在甘肃基地的动作很大，原来东阿阿胶在河西走廊的张掖有基地，2010年在庆阳建了四个，2011年在甘肃的定西又建了两个基地，一个是养驴的基地，一个是党参基地。此外，2012年东阿阿胶可能还要启动在吉林抚松和靖宇的人参的基地，因为人参也是阿胶浆的主要原料。