目的了解2016年-2017年湖州市手足口病病原学特征和流行病学情况,为手足口病的预防和控制提供科学依据。方法用荧光定量RT-PCR方法,对695例手足口病疑似病例样本进行肠道病毒(EV)、肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型(COX A16)、柯萨奇病毒A6型(COX A6)以及柯萨奇病毒A10型(COX A10)的核酸检测。结果 695例标本中肠道病毒阳性率为74.39%。其中未分型肠道病毒阳性率为27.19%;Cox A16阳性率为22.73%;Cox A6阳性率为13.81%;EV71阳性率为7.63%;Cox A10阳性率为3.02%。不同性别男女阳性率分别为78.37%和69.21%,患者阳性率差异有统计学意义。手足口病全年均可发病,具有明显的季节性。结论 2016年-2017年湖州市手足口病的流行具有明显的双峰型,5岁以下幼儿是手足口病感染的主要人群。未分型肠道病毒和COX A16是引起儿童手足口病的主要病原,应加强手足口病病原谱变化特征的监测。