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根据生物工程技术的基本原理和技术类型,从3个方面介绍了生物工程技术在我国水资源保护中的具体应用,一是生物工程技术在污染源治理方面的应用,它是目前应用最广、最有效的水资源保护手段,包括传统的人工生物处理系统和天然生物处理系统;二是生物工程技术在水资源污染监测中的应用;三是受污染水体的生物修复。结合我国不同区域污染源的特征,提出了不同生物工程技术的应用方式和前景。分析了生物工程技术推广运用中存在的问题,对急需开发的核心技术问题进行了探讨。