基于加权基因共表达网络分析筛选结肠癌预后风险长链非编码RNA

来源 :锦州医科大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：maturevice

【摘要】

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目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索与结肠癌预后有关的长链非编码RNA (LncRNA),并对下游靶基因进行生物信息学分析。方法从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库网

【作者】

：

范敬炎韩欣桐丁家安王树急杜晶晶朱玉峰

【机构】

：

锦州医科大学,锦州医科大学附属第一医院

【出处】

：

锦州医科大学学报

【发表日期】

：

2020年3期

【关键词】

：

LINC01021 结肠癌预后 LINC01021colon cancerprognosis

【基金项目】

：

辽宁省大学生创新创业训练计划项目,项目编号:201810160007

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目的通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索与结肠癌预后有关的长链非编码RNA (LncRNA),并对下游靶基因进行生物信息学分析。方法从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库网站下载人结肠癌RNA二代测序原始数据,利用R语言对测序数据进行处理,筛选差异表达基因。对差异表达基因进行WGCNA分析,进行基因模块的鉴定及结肠癌预后相关LncRNA的筛选。从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载独立数据集GSE39582、GSE20916和GSE41

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