【摘 要】
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目的建立一种适用于不同浓度乙型肝炎病毒(hepatitis B Virus, HBV)的全基因组高通量测序方法。方法分别采用HBV病毒核酸直接建库方法及巢式PCR扩增建库方法，对含高、中、低HBV拷贝的3个血浆样本进行文库构建。通过Illumina Miseq平台对HBV全基因组进行高通量测序。结果基于两种不同建库方法获得数据产量差异巨大。HBV病毒核酸直接建库方法只有很少数据可以匹配到HBV基因
【机 构】
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310006 杭州市第一人民医院检验科,310030 杭州致远医学检验所有限公司,310030 杭州致远医学检验所有限公司,310030 杭州致远医学检验所有限公司,
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目的建立一种适用于不同浓度乙型肝炎病毒(hepatitis B Virus, HBV)的全基因组高通量测序方法。
方法分别采用HBV病毒核酸直接建库方法及巢式PCR扩增建库方法，对含高、中、低HBV拷贝的3个血浆样本进行文库构建。通过Illumina Miseq平台对HBV全基因组进行高通量测序。
结果基于两种不同建库方法获得数据产量差异巨大。HBV病毒核酸直接建库方法只有很少数据可以匹配到HBV基因组。巢式PCR扩增能够成功扩增出HBV全基因组，文库经高通量测序后，HBV基因组匹配率接近80%，且样本覆盖度和深度不受HBV浓度影响。3个不同浓度HBV样本共发现27个宿主内单核苷酸突变(intra-host single nucleotide variations, iSNVs)，其中13个是低频突变。逆转录(reverse transcription, RT)区域的突变出现在低拷贝数和中等拷贝数样品中，而在高拷贝数样品中没有发现。
结论本研究建立的巢式PCR扩增结合高通量测序对HBV全基因组测序的方法，不仅可以快速准确的检测HBV感染，还可以发现低拷贝样品中整个HBV基因组的突变。
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