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提出采用非线性滤波方法—平方根UKF估计信号通路模型的未知参数，利用协方差平方根代替协方差参加递推运算，保证了滤波算法的数值稳定性。以肿瘤坏死因子诱导的核转录因子κB信号转导网络为例，利用平方根UKF对系统模型的未知参数进行辨识。仿真结果表明，该非线性滤波方法能够从噪声数据中提取有效信号，提高了参数估计的精度，为解决复杂信号通路参数辨识中的不确定性问题提供了可靠的方法。