目的 初步分析和判定融水县肉孢子虫分离株的基因差异和系统发生关系.方法 在融水县集市采集猪肉和牛肉样本,分离肉孢子虫包囊,观察包囊形态.提取各肉孢子虫分离株的基因组DNA,以18S rRNA基因为分子标志,对目标基因进行扩增、测序,与GenBank中各肉孢子虫序列进行同源性分析,同时应用最大似然法(maximum likelihood method)及邻位相接法(neighbor-joining method)构建系统发生树,分析亲缘关系.结果 从融水县分离到3株肉孢子虫分离株.融水县的肉孢子虫拱洞分离株、良寨分离株1与猪人肉孢子虫(S.suihominis)的同源性高,分别为99.8％和97.4％.肉孢子虫良寨分离株2与人肉孢子虫(S.hominis)的同源性较高,为93.5％.在最大似然法构建的系统发生树上,拱洞分离株与猪人肉孢子虫位于同一分枝；良寨肉分离株1与猪肉孢子虫(S.miescheriana)位于一枝;良寨分离株2单独位于另一分枝,这一分枝与人肉孢子虫及中华肉孢子虫(S.sinensis)所在的分枝较近.在邻位相接法构建的系统发生树上,拱洞分离株与良寨分离株的分枝情况与最大似然法系统发生树相似,但良寨分离株1与猪肉孢子虫均位于独立分枝.结论 广西融水县三个肉孢子虫分离株中,拱洞分离株与猪人肉孢子虫、良寨分离株1与猪肉孢子虫较为相似,而良寨分离株2的虫种尚需进一步分析和鉴定。