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水稻主要种植在我国亚热带地区，高温干旱、淹涝、低温、低磷是它遇到的主要非生物逆境。水稻耐逆境生态育种主要采用分子标记辅助选择和转基因技术，改良的主要对象是杂交水稻亲本。不育系侧重于耐涝、耐旱、耐寒性状的分子设计，同时兼顾抗病性状的改良。恢复系主要开展耐低磷和抗除草剂性状的分子设计，同时兼顾抗虫性状的改良。通过不育系与恢复系的合理配组，获得耐多种逆境的杂交稻组合，利用耐逆境杂种优势。