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艾滋病病毒的发现距令已有二十多年的历史了．它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延．研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一．在以往研究的基础上。我们利用分子叠舍和分子对接这两种分子模拟手段，把从PDB敷据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较。根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理，运用分子叠舍初部判断分子活性，特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因，为进一步的药物设计奠定了良好的基础．进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象