【摘 要】
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目的遗传变异中的单体型扩增因具有潜在的选择优势和克隆演变敏感性,成为寻找易感癌基因的一个重要标志。本文充分考虑单体型扩增状态的影响因素,有效实现稀有变异关联分析。
【机 构】
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锦州医科大学健康管理学院,西安交通大学计算机科学与技术学院
【基金项目】
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辽宁省自然科学基金计划项目(20180550161,20180550855,2019-ZD-0604)
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目的遗传变异中的单体型扩增因具有潜在的选择优势和克隆演变敏感性,成为寻找易感癌基因的一个重要标志。本文充分考虑单体型扩增状态的影响因素,有效实现稀有变异关联分析。方法通过等位基因变异频率估计单体型扩增状态。首先采用置换检验,基于等位基因变异频率实现候选变异位点的聚类。再应用似然聚类方法,确定隐马尔科夫随机场模型中的邻域系统。此外,引入一个威尔逊区间和错误识别率的组合过滤机制,进一步提高变异位点识别精度。最后将候选集与单体型扩增状态合并到加权虚拟位点中用于关联分析。结果通过仿真实验,分别对不同次等位基因变异
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