紫金山有种子植物389属、627种,其中包括苦槠(Castanopsis scerophylla)、紫楠(Phoebe sheareri)青冈(Cyclobalanopsis glauca)等6种常绿乔木,它的区系地理成分较为复杂,而且具有明显的温带-热带过渡特征。在15个分布区类型中,北温带成分最多,83属(21.3%);泛热带成分次之,63属(16.2%)。人为活动在紫金山有着悠久的历史,在人的影响下,高位芽植物在紫金山只有38.4%,远远低于中亚热带的午潮山(74.4%)、莲花山(71.4%),甚至低于暖温带的南五台山(47.7%),一年生植物在此却高达19.3%。紫金山有马尾松群系、黑松群系、枫香群系、洋槐群系、黄檀群系、麻栎群系、白栎群系、栓皮栎群系等8个类型。马尾松、黑松群系是演替先锋群落,将被枫香、黄檀群系取代,枫香、黄檀群系又将被栓皮栎、白栎群系取代,栓皮栎、白栎群系则相对稳定。主分量分析和历史记录表明:在群落演替、发育、分布过程中,土壤厚度、土壤水分、人为活动和光照条件是主要的约束因子。