目的：探讨基因芯片检测系统在分枝杆菌菌种鉴定及耐药基因检测中的临床应用价值。方法应用基因芯片技术对疑似结核病和非结核分枝杆菌病患者的痰液、尿液、胸腹腔积液、脑脊液和穿刺液等标本进行核酸检测；并对分枝杆菌阳性样本进行利福平及异烟肼的耐药基因检测。结果91例标本中共检出结核分枝杆菌复合群16例，非结核分枝杆菌2例（戈登分枝杆菌1例、偶然分枝杆菌1例），分枝杆菌检出总阳性率为19．8％（18/91），其中结核分枝杆菌占17．6％（16/91），非结核分枝杆菌占2．2％（2/91）；不同标本类型检出阳性率有差别，由高到低依次为穿刺脓液（33．3％）、痰液（24．0％）、胸腹腔积液（18．8％）、脑脊液（16．7％）和尿液（15．8％）。有57例患者同时进行了基因芯片法和涂片抗酸染色法检测，其中芯片法有16例阳性，阳性率为28．1％（16/57），涂片法有3例阳性，阳性率为5．3％（3/57），两种方法比较，差异有统计学意义（ P＜0．01）。18例分枝杆菌阳性标本进一步进行耐药基因检测，有4例发生耐药基因突变，其中2例（1例戈登分枝杆菌）为利福平耐药相关基因，ro pB基因526位点发生C→G突变，1例为ropB基因531位点发生C→T突变，还有1例为异烟肼耐药相关基因，inhA基因启动子-15位点发生C→T突变；没有检测到多重耐药株。结论基因芯片技术适用于不同标本类型的分枝杆菌菌种鉴定及耐药基因检测，操作简便快速，灵敏度高，特异性好。