目的:通过北京市新型农村合作医疗住院患者疾病构成及其费用分析,为调整新型农村合作医疗住院补偿政策提供数据支持。方法:采集2012—2014年北京市新型农村合作医疗住院患者相关数据,以国际疾病分类(ICD-10)北京临床版为标准进行疾病分类,对新型农村合作医疗住院患者疾病构成及其费用进行分析。结果:2012—2014年,北京市新型农村合作医疗住院患者总计达到505 004人次,相比于2012年的157 113人次,2014年达到177 433人次,上升了12.93%。其中,循环系统疾病和呼吸系统疾病等前10种系统疾病住院人次数为450 658人次,占总住院人次数的89.24%。在住院疾病谱中,脑血管疾病、心脏病、恶性肿瘤、胆囊、胆道和胰腺疾患等10余种疾病的住院人次数排在前列,其住院时间长,花费高。结论:北京市新型农村合作医疗住院患者的疾病构成中,脑血管疾病和心脏病以及恶性肿瘤是威胁农民健康的三种主要的疾病,并且其住院费用高,这对新型农村合作医疗住院基金带来了一定压力,基层医疗卫生机构要发挥作用,对这些疾病要早筛查,早预防。