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目的：分析2014年江苏南通地区肠道病毒71型（EV71）的分子流行病学特征。方法采集52例手足口病患儿咽拭子标本，提取病毒核酸，采用实时荧光定量PCR（RT‐PCR）扩增病毒的VP1序列。获得的序列与来自其他地区的序列进行比对分析，构建系统发育树。结果52份临床标本中分离到12株 EV71 VP1序列，12株 VP1序列的核苷酸、氨基酸同源性为93．4％～99．1％，进化树分析显示12株VP1序列全部属于C4基因型的C4a亚型。结论2014年南通地区分离的EV71流行病毒株与近年来中国其他地区的流行株有