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脉冲相位是X射线脉冲星导航方法的基本观测量，在测量的脉冲相位与预报相位比对的过程中存在整周期模糊度问题．借鉴GPS载波相位模糊度的解算方法，提出了单差搜索法、最小二乘搜索法和模糊度函数法3种空间搜索方法用以解算脉冲星导航系统的整周模糊度，并针对地球卫星完全迷失的情况进行了搜索仿真验证．结果表明，这3种方法都能够准确地解算出整周模糊度，均可用于脉冲星导航系统的在轨解算．其中最小二乘搜索法的性能稳定，搜索速度快；模糊度函数法搜索速度慢，但适用于装配单X射线探测器的脉冲星导航系统．