【摘 要】
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目的 通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断、预后及免疫浸润相关的基因.方法 从GEO数据库中下载数据集,并筛选出结肠癌差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出核心基因CXC型趋化因子配体2(CXC chemokine ligand 2,CXCL2)和血小板反应蛋白2(thrombospondin-2,THBS2).通过GEPIA和UALCAN数据库分析CXCL2和THBS2表达水平与预后关系以及其表达与结肠癌患者临床特征之间的关系.TIMER数据库分析CXCL2和THBS2与结肠
【机 构】
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锦州医科大学基础医学院,辽宁 锦州 121000
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目的 通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断、预后及免疫浸润相关的基因.方法 从GEO数据库中下载数据集,并筛选出结肠癌差异基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出核心基因CXC型趋化因子配体2(CXC chemokine ligand 2,CXCL2)和血小板反应蛋白2(thrombospondin-2,THBS2).通过GEPIA和UALCAN数据库分析CXCL2和THBS2表达水平与预后关系以及其表达与结肠癌患者临床特征之间的关系.TIMER数据库分析CXCL2和THBS2与结肠肿瘤免疫细胞浸润的相关性.LinkedOmics和DAVID数据库分析CXCL2和THBS2基因的正相关基因和KEGG通路.结果 鉴定出结肠癌相关的核心基因16个,包括CXCL2和THBS2.CXCL2和THBS2在结肠癌中的表达均高于正常组织(均P<0.05),且在年龄、性别、分期和淋巴结转移方面比较,差异均具有统计学意义(均P<0.05).CXCL2高表达组患者5年生存率高于低表达组(P<0.05),THBS2高表达组患者5年生存率低于低表达组(P<0.05).CXCL2和THBS2基因参与结肠癌肿瘤细胞的免疫浸润.KEGG通路显示CXCL2主要参与细胞因子受体的相互作用、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路和趋化因子信号通路等.THBS2主要参与细胞外基质(extracellular matrix,ECM)-受体相互作用、血小板活化和磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositide 3-kinases/protein kinase B,PI3K-Akt)信号通路等.结论 CXCL2和THBS2为结肠癌诊断及预后相关基因,参与多种分子调控通路,可作为结肠癌潜在的生物标志物.
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