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与特异染色体类型在新核型演化中作用相同重要的是物种间染色体数目和结构的变化、多态性以及物种内变中和病变等这些事件。曾经非编码RNA（ncRNAs）被认为是转录＂噪声＂,而现在却发现其是后期调控和染色体稳定性方面的重要媒介。我们发现短和长ncRNAs在染色体某些区域（着丝粒、端粒、衍生断点和脆性位点等）的功能和稳定性方面发挥作用。通过总结最近的研究本文得出ncRNAs能够促进染色体改变并且对ncRNAs造成DNA断裂的机制进行了描述。