目的:对两种天麻种子进行转录组分析,在转录组水平研究两种天麻种子次级代谢产物含量与相关酶活性的关系,从而对其进行品质评价。方法:采用Illumina Hiseq 2500对乌天麻种子及乌红杂交天麻种子进行转录组测序分析,通过与基因数据库比对、分析、注释来发现差异表达基因。结果:乌天麻种子及乌红杂交天麻种子分别获得了24 892 730、29 712 119条Clean Reads,Trinity组装后得到383 242条Unigenes,通过六大基因数据库比对、分析、注释,最终获得184 706个有注释信息的Unigenes。与乌天麻种子相比,杂交后的天麻种子有178个基因表达量上调,527个基因表达量下调,合计705个差异表达基因。其中共有10个关键基因被KEGG数据库苯丙烷类合成途径注释,表达量下调的差异表达基因有PAL、β-G、POD和aroX,表达量上调的有NADP+。结论:本研究获得了乌天麻种子和乌红杂交天麻种子的苯丙烷类产物合成代谢通路图,并注释了相关基因序列,最终确定乌红杂交天麻种子品质最佳。