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【目的】筛选怀玉山三叶青2个栽培种:怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)与黄酮类化合物合成相关差异表达基因。【方法】以怀玉山三叶青怀玉1号(HY1组)和怀玉2号(HY2组)的块根为试验材料进行转录组分析。【结果】HY1组和HY2组的Clean reads分别为42311662和41411202。2组样品Q30碱基百分比均不小于95.75%。HY1组和HY2组的转录因子家族多为MYB-superfamily、bHLH、AP2/ERF、NAC、C2C2、WRKY等。HY1组和HY2组表达量FPKM的对数