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近年来，生态系统管理作为一种合理利用资源、实现社会的可持续发展的有效途径，受到越来越多的学者、政府、国际组织的青睐与重视，并且广泛的开展了生态系统管理在各个学科领域的研究。目前，在我国湖泊管理政策中尚未建立基于生态系统的管理模式。本文在综述生态系统管理的相关理论的基础上，进行实地考察，结合太湖渔业资源开发利用的实际情况，揭示了当前太湖渔业管理中存在的问题主要是体制方面的问题。提出并论证在明确生态系统边界，确立生态系统管理目标的基础上，对太湖渔业管理体制进行改革，将管理机构划分为三个系统：管理、执行和监测系统，从而实现权责统一制的基于生态系统的渔业管理体系。