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专项经费在普通高校的发展建设中发挥着重要作用,对专项经费进行有效的绩效评价是普通高校发展的需要,也是上级财政部门的要求.文章采用平衡计分卡理论,以普通高校实验室建设项目为具体研究对象,建立以战略目标为中心,从财务、效率、效益、学习和成长4个方面设计绩效评价指标,并运用层次分析法量化各个绩效评价指标的影响程度.初步建立了普通高校专项经费的绩效评价体系.