目的:评价酪氨酸激酶抑制剂（tyrosine kinase Inhibitor,TKI）治疗12个月的BCR-ABL转录水平处于警告及最佳反应的慢性髓系白血病（chronic myeloid leukemia,CML）患者的远期预后,探讨影响患者治疗疗效及预后因素。方法:回顾性分析TKI治疗的80例初诊CML患者的临床资料。将TKI治疗12个月BCR-ABL^IS> 0. 1%且≤1%（警告反应）的患者作为A组（观察组）,BCR-ABL^IS≤0. 1%（最佳反应）的患者作为B组（对照组）。比较2组患者获得主要分子学反应（MMR）和深度分子生物学反应（DMR）的比例以及特定时间点2组患者MR⁴获得率及累积MR⁴率,分析影响2组患者疗效及预后的独立危险因素。结果:B组的患者在TKI治疗后的15、18和24个月这3个特定时间点获得MMR及MR⁴（DMR）比例明显高于A组的患者,且B组的患者更快获得MR⁴。在分界点（TKI治疗12个月）后的3、6和12个月,A组较B组更不易获得MR⁴（P <0. 05）。生存分析显示,B组较A组在后续的不同时间点有更多的患者达到MR⁴（P <0. 01）。单因素分析显示,脾脏肋下> 10 cm（P <0. 01）和乳酸脱氢酶> 400 U/L（P <0. 05）是影响治疗疗效警告患者远期预后的危险因素。多因素分析显示,患者初诊的脾脏大小是影响12个月处于警告疗效患者预后的独立影响因素（P=0. 004）。结论:12个月治疗疗效处于警告的CML患者,与最佳疗效的患者对比,更缓慢且更不易获得DMR,远期预后较差。对于12个月治疗疗效处于警告的患者初诊的脾脏大小可以预测患者相对不佳的远期预后。对于12个月疗效反应为警告的患者在结合其他影响因素的基础上,可早期更换治疗方案。