在高中生物必修2的教学过程，有关自交和自由交配的概念，对于初学遗传学的学生来说常常将二者搞混淆，甚至有不少学生将二者混为一谈，认为自交就是自由交配的简称。有关自交与自由交配的遗传概率计算对学生来说也是一个难点，现对其作如下两方面的辨析。
　　1、概念
　　自交：狭义的自交仅限于植物，指两性花的自花传粉（如豌豆），或者雌雄同株植物的异花传粉（如玉米），其实质就是参与融合的两性生殖细胞来自同一个体；广义的自交是指具有相同基因型的两个个体进行交配。动物一般不说自交，只能说基因型相同的个体互交相当于自交。
　　自由交配：自由交配也叫随机交配，是指在一个有性繁殖的生物种群中，具有生殖能力的雌雄个体之间的交配。既有基因型相同的个体交配，也有基因型不同的个体交配，不受基因型的限制，个体之间的交配机会均等，强调随机性，属于杂交的一种，自由交配的概念在动植物中均适用。
　　2、包含的交配组合
　　若只考虑一个种群的一对等位基因A和a，种群中个体的基因型为AA、Aa、aa。
　　自交的组合：AA×AA Aa×Aa aa×aa；
　　自由交配组合：AA×AA AA×Aa AA×aa Aa×AA Aa×Aa Aa×aa aa×AA aa×Aa aa×aa
　　3、概率的计算方法
　　例1：基因型为Aa的个体连续自交n代，求第n代中各类个体所占的比例。
　　解析：基因型为Aa的个体连续自交n代的具体计算过程
　　有AA和Aa两种类型个体，AA：Aa=1：2，且该种群中雌雄个体比例为1：1，个体间可以自由交配，则该种群自由交配产生的子代基因型及其比例和表现型及其比例是。
　　解析：自由交配强调的是群体中所有例2：已知某一动物种群中仅有AA和Aa两种类型个体，AA：Aa=1：2，且该种群中雌雄个体比例为1：1，个体间可以自由交配，则该种群自由交配产生的子代基因型及其比例和表现型及其比例是。
　　解析：自由交配强调的是群体中所有雌雄个体进行随机交配，其交配的情况如下：♀ × ♂欲计算后代基因型、表现型的概率，有以下几种解法：
　　解法一 自由交配方式展开后再合并：
　　（1）♀AA×♂AA→AA （2）♀AA×♂Aa→AA+Aa
　　（3）♀Aa×♂AA→AA+Aa （4）♀Aa×♂Aa→AA+Aa+aa
　　合并后，基因型为AA、Aa、aa，表现型为A_、aa。
　　解法二 算出群体产生雌（雄）配子的概率，再用棋盘格法进行运算：
　　合并后，基因型为AA、Aa、aa，表现型为A_、aa
　　例3：现有一果蝇种群，雄性中红眼个体XAY占1/3，白眼个体XaY占2/3；雌性个体中红眼个体XAXA占1/3、XAXa占1/3，白眼个体XaXaa占1/3。让该种群中雌雄个体随机交配得到的后代中红眼和白眼的比例为。
　　解析：果蝇为雌雄异体生物，在自由交配的时候不能出现雌性和雌性杂交，也不能出现雄性和雄性杂交。
　　♀ × ♂
　　解法一 自由交配方式展开后再合并：
　　（1）X3
　　XA×XAY→×1红眼（XAXA、XAY）
　　（2）XAXA×XaY→×1红眼（XAXa、XAY）
　　（3）XAXa×XAY→×红眼（XAXA、XAXa、XAY）、×白眼（XaY）
　　（4）XAXa×XaY→×红眼（XAXa、XAY）、×白眼（XaXa、XaY）
　　（5）XaXa×XAY→×红眼（XAXa）、×白眼（XaY）
　　（6）XaXa×XaY→×1白眼（XaXa、XaY）
　　合并后，红眼：白眼=7：5
　　解法二 算出群体产生雌（雄）配子的概率，再用棋盘格法进行运算：
　　合并后，红眼：白眼=7：5