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《新修本草》的体例源自《本草经集注》而又有变动。其分类将《本草经集注》的草木、虫兽二部离析为草部、木部、兽禽部、虫鱼四部，药物的部居或排列顺序以及三品属性亦略有变动。宋代《开宝本草》、《嘉秸本草》虽对《新修本草》又续有调整，但均有标记注明，惟《证类本草》对药序变动最大。在辑复《新修本草》或《本草经集注》、《神农本草经》时，不可依《证类本草》所出药序排序。《新修本草》药物条目中的叙述体例，亦依据《本草经集注》，但在毒性、生境与产地项有变动，将《本草经集注》中原《神农本草经》朱字改作墨字。其性味、异名依旧朱书