利用ISSR分子技术,筛选引物用于构建灰葡萄孢(Botrytis cinerea)不同发育表型群体的指纹图谱。从收集到的300株灰霉菌中选35株代表菌株,虽然其菌落形态有所差异,但经形态学鉴定、ITS鉴定、特异引物BC729鉴定及三基因(G3PDH、HSP60和RPB2)系统发育树分析均表明其为灰葡萄孢种群。在此前提下,筛选可用于区分不同发育表型的ISSR引物,引物所扩增的图谱要求稳定重复,主带明显,带间距宽。经筛选获得3条引物,名称分别为807、864和886,其最优退火温度分别为51℃、52℃和49℃。供试35个代表菌株经引物807扩增后出现3种不同类型指纹图谱,经引物864扩增后出现4种不同类型图谱,经引物886扩增后出现5种不同类型图谱。将以上3个引物的扩增图谱联合分析,本研究供试菌共出现9种图谱组合。9个图谱类型对应不同的菌落形态。灰葡萄孢种下存在高水平分化现象,由于其菌落形态受培养环境影响较大,仅凭形态区分容易造成误差,本研究搭建了一个灰葡萄孢种下发育表型的分子鉴定平台,为今后开展菌群鉴定与分析、不同研究条件下菌群比较、演化更替及发掘新菌群提供研究手段。