【摘 要】
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目的 探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制.方法 分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织.“sva”R包用于去除批间差.进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释.使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相
【机 构】
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广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,广西 南宁 530021;长寿与老年相关疾病教育部重点实验室,广西 南宁 530021;广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,广西 南宁
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目的 探讨HBV转化为HCC相关的关键基因,并探索相关的分子机制.方法 分析基因表达综合(GEO)数据库中GSE55092、GSE84044和GSE121248的mRNA微阵列数据,其中包括119个HBV相关的HCC组织和252个HBV相关的非肿瘤组织.“sva”R包用于去除批间差.进行整合分析,获取HBV相关肝癌和HBV组织中的差异表达基因(DEGs),通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异表达基因进行功能注释.使用相互作用基因搜索工具(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘最重要的模块和关键基因.cBioportal用于分析hub基因的相关性.利用Kaplan-Meier和Oncomine数据库对TCGA数据库中肝癌基因表达数据进行验证,探讨hub基因与肝癌发生、发展和预后的关系.通过逆转录定量PCR(RT-qPCR)实验验证17对临床肝细胞癌样本与邻近非肿瘤组织中hub基因的表达.结果 共获得121个DEGs(P<0.01),鉴定出3个遗传标记,细胞周期素依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和核分裂周期蛋白80(NDC80),与细胞周期、嘧啶代谢和DNA复制有关,这3个基因高度相关(P<0.05).UALCAN数据库证实这些基因在肝癌组织中高表达并获得相关预后信息.Kaplan-Meier表明,它们与HCC患者的低存活率相关.CDK1、CCNB1和NDC80与肝癌分级相关(P<0.05),RT-qPCR实验证实CDK1、CCNB1和NDC80的mRNA在肝细胞癌中的表达明显高于癌旁组织.结论 CDK1、CCNB1和NDC80基因可作为HBV相关肝细胞癌的预后标志物,在肝癌的基础研究和临床治疗方面有一定的应用价值.
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