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本科院校的学科和专业设置在一定程度上反映其办学方向、思路、定位，对其学科和专业设置情况进行研究具有重要价值。在随机调查东、中、西部地区90所本科院校基础上对独立学院、民办本科和传统本科的学科和专业情况进行比较分析，进而在学科和专业的数量与质量上提出本科院校调整大而全的学科和专业办学思路，走建构特色学科和专业的办学道路；在目录内和目录外专业设置上提出充分行使设置目录外专业的权利；在学科和专业的进入与退出机制上提出尽快完善学科与专业的准入和退出机制等建议。