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两阶段估计方法是解决计量模型变量内生性问题的重要方法，而现代社会科学领域的研究文献在选择两阶段估计方法时存在较多误区，缺乏比较系统的研究。基于多项分布内生回归元的计数模型，采用蒙特卡洛模拟比较25LS、2SPS、2SRI三种两阶段估计方法的优劣，并从检验水平和功效角度评价Wald、LR、LM三种内生性检验方法的有效性，结果发现：当忽略模型非线性、内生性或错误设定计数数据分布时，2sLs和2SPS均会存在较大的估计偏差，但2SRI估计量具有良好的有限样本特征；基于2SRI的三种内生性检验方法，在计数数据分布