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目的：为了优化肽质量指纹谱（Peptide mass fingerprinting，PMF）鉴定蛋白质时采用Ms—Fit引擎搜索的分析参数。方法：将2-DE分离后的Carbonic anhydrase-2和BSA进行胶内充分酶解，肽段经过MALDI—TOF—MS分析得到PMF数据。选择Swissprot数据库，以Carbonic anhydrase2为模型优化搜索参数。结果：主要搜索参数的最佳设置为：半胱氨酸修饰为Carbamidomethylation，肽质量容错模型为百分数，在研究中0．1％容错数为最