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利用ＳＳＲ标记技术对大豆属１１个种３７份材料的遗传多样性进行分析，不同位点在种间的等位基因数为６～２９，平均每个位点１５．９个等位基因，Ｓｏｊａ亚属的等位基因数是Ｇｌｙｃｉｎｅ亚属的７１．５％，并且Ｇｌｙｃｉｎｅ亚属种间指纹图谱的差异大于Ｓｏｊａ亚属种间的指纹图谱。ＳＳＲ等位基因的主成分分析结果表明，大豆属中的Ｇｌｙｃｉｎｅ亚属和Ｓｏｊａ亚属的分类界限是比较明确的，利用第一主成分和第二主成分可较明显地区分开Ｇｌｙｃｉｎｅ亚属和Ｓｏｊａ亚属。通过ＵＰＧＭＡ方法构建了大豆属１１个种的遗传进化关系，Ｓｏｊａ亚属中Ｇ．ｍａｘ、Ｇ． ｓｏｊａ和Ｇ． ｇｒａｃｉｌｉｓ３个种在系统分化树上界限是比较明显的，由此看来这３个种是独立存在的。