2型糖尿病模型大鼠肝脂代谢相关基因的筛选及生物信息学分析(英文)

来源 :中国生物化学与分子生物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jiaonimaqubao110
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肝的脂肪代谢异常和胰岛素抵抗(insulin resistance,IR)对促进2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的发生与发展具有显著影响。但此过程复杂,参与调控基因目前尚未完全清楚。有研究表明,脂肪酸分解、氨基酸代谢、肝糖原合成等生物过程对糖尿病的形成具有促进作用。为了阐明这一调控机制,本文通过基因芯片技术研究GK(Goto-Kakizaki)大鼠和WKY(Wistar-Kyoto)大鼠肝差异基因对肝的脂肪代谢和胰岛素抵抗的影响,探讨可引起2型糖尿病发病的分子机制。从基因表达数据库(GEO)获取GSE13271基因表达谱,并对原始数据进行标准化处理。通过GO(Gene Ontology)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes enrichment)、String和Cytoscape软件对差异表达基因进行功能分析。结果从GK和WKY大鼠中分别获得179和278个差异基因,同时从排名前10的路径中筛选出21个差异基因(Aldh1a1,Cyp2c22,Fabp2,Fabp7,Cyp4a3,Acot1,Acot2,Hsd17b2,Ech1,Hmgcl,Bdh1,Crot,Pex11a,Cpt1a,Hadhb,Gda,Elovl2,Prodh,Agpat3,Sardh,Pigu),将这些基因与前10个的GO term取交集。最终得到10个显著差异基因(Aldh1a1,Fabp2,Acot1,Acot2,Ech1,Hmgcl,Bdh1,Crot,Cpt1a,Hadhb),功能分析结果显示,肝组织相关基因通过一系列生物过程对肝的脂肪代谢和胰岛素抵抗产生调节作用,从而也为临床糖尿病的治疗以及新作用靶点的发现提供更多参考依据。
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