1999年,正式成立并开始运营;工业企业总体首次实现盈利;所属“绿宝”、“火鸟”、“古船”、“恒通”四品牌被评为1998年度“北京商业知名品牌”。
　　2000年,亏损降至6000多万元,减亏幅度高达33%;与大型煤炭公司正式签订煤炭供应站转让合同;京都金谷粮食购销库正式挂牌运营;与北京物美商城合作发展连锁经营签约;所属恒通食品有限公司与河北省阜城县面粉厂合资兴办“阜城恒通食品有限公司”正式签约;与中国通用技术控股公司就恒通公司土地开发正式签约;由市商委、京粮集团所属西郊粮库共同投资的西郊天华盛菜市场签约。
　　2001年,所属国有及国有控股企业实现销售收入15.2亿元,企业账面利润为315万元,实现了历史性的扭亏为盈;所属古船成为北京市首家通过计量”C”标志认证企业;所属东郊粮库等九单位获中储粮一级代储库资格;与北京物美集团、和黄天百公司合作创建第三方物流公司;北京粮食销区中心库筹建处兼并北京筑华建筑工程公司;北京古船食品有限公司工商注册成立。
　　2002年,销售收入达17.8亿元,同比增长17.1%,实现净利润1138万元;北京环京物流有限责任公司工商注册成立;与统杰(中国)股份有限公司就合作成立统杰法宝(北京)超市有限公司签约;北京市南苑植物油厂直属京粮集团公司管理,北京市油脂公司划归南苑植物油厂管理。
　　2003年,京粮集团、大连万达集团、大连一方地产公司及西北郊粮库正式签约共建“京粮广场”(现为龙德广场);由新华福兴有限公司和香油厂进行重组,成立北京古船油脂有限责任公司;北京红黄蓝恒通科技有限公司控股管理;北京统益油脂有限公司转让外方股权,变更为内资企业;西郊收储库与中心粮库进行机构合并;在“北京百强企业”评选活动中排名第53位;古船面粉获“中国最有价值品牌”称号,品牌价值15.56亿元。
　　2004年,东北郊粮库和创佳伟业公司合并重组;北京市南苑植物油厂与京粮集团一分公司重组;怀柔源益盛粮油总公司整建制划入京粮集团;北京京粮恒业国际粮油贸易有限公司成立;山西古船食品公司成立签约;北京市东北郊粮油仓库与北京创佳伟业工贸有限公司重组,启用北京京粮兴业经贸有限公司新名称;北京市面粉十厂变更为京粮集团直属公司。
　　2005年,获“全国食品安全年度十强”企业称号;古船面粉获得2004年度“中国面粉十大影响力品牌”和“中国品牌建设十大杰出企业”; 山西古船食品有限公司开业;第一家古船粮油食品专卖店开业;环京物流公司被评为中国物流百强企业,
　　2006年,获“首批全国食品安全十佳供应商”称号及北京市06年度“安康杯”竞赛优秀组织单位称号;对北京艾森绿宝油脂有限公司完全控股;青岛古船食品有限公司工商注册成立;北京古船投资发展有限公司工商注册成立;环京物流公司获“2006年度中国物流百强企业”称号;天津古船投资发展有限公司工商注册成立;古船品牌价值再度提升,品牌价值突破20亿。
　　2007年,北京市粮食公司与北京古船投资发展有限公司合并重组;古船食品公司和大磨坊面粉公司生产的面粉获得“放心粮油”称号;北京市油脂公司破产工作启动;古船品牌获“最具市场竞争力品牌”; 古船大米获得绿标认证;参股企业黑龙江华藤粮油制品有限公司成立;北京古船面包食品有限公司工商注册成立。
　　2008年,获2008年中国服务业企业500强称号;古船食品公司获2007年度“产品质量信用中国500强”企业;安徽古船油脂有限公司工商注册成立;粮食公司与专为奥运村提供餐饮服务的美国爱玛客公司签约,完成奥运粮油供应;绿宝公司通过“国家免检产品”资格认定现场核查;“京粮商务网”正式开通,成为京粮集团营销新模式;“古船”品牌价值再度提升,达到31.30亿元。
　　2009年,正式与北京农村商业银行签署战略合作协议,3年合作期内获50亿元信贷支持;古船面粉获“2009年度全国同类产品市场综合占有率第一”; 古船食品公司获“全国放心粮油进农村、进社区先进单位”称号,成为粮食行业诚信单位及首批AAA级信用等级企业。
　　2010年,获“北京市农业产业化重点龙头企业”称号及“全国首批放心粮油示范企业”荣誉称号。
　　2010年4月,北京古船食品有限公司和北京市大兴面粉工业公司正式签约合作成立北京古船福兴食品有限公司。
　　2010年4月16日,古船米业公司顺利通过了北京市农业绿色食品办公室的续展审核,其产品精制米、优制米、长粒香米均取得了绿色食品标志使用许可。
　　2010年5月14日,京粮集团与京煤集团战略合作签约仪式在北京金泰大厦举行。京煤集团选择了京粮集团的粮油产品及服务,京粮集团也将在仓储物流、商务服务等方面与京煤集团加强合作。
　　2010年6月3日,“京粮集团古船粮食加工基地项目”在北京市16项重大工业项目签约仪式上签约。