基于全基因组序列和E距离信息的CoxA16病毒亲缘关系分析

来源 :湖南农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：sfgidtfdxv

【摘要】

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柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数

【作者】

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向妍徐西林张永生谭泗桥李柯胡晓天周玮

【机构】

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湖南农业大学植物保护学院植物病虫害生物学与防控湖南省重点实验室,湖南省烟草公司郴州市公司,湖南农业大学湖南省生物农药与制剂加工工程技术研究中心

【出处】

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湖南农业科学

【发表日期】

：

2014年9期

【关键词】

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CoxA16病毒全基因组 Kimura2-parameter遗传距离 E距离进化树 coxsackie virus A16(CoxA16) genome

【基金项目】

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国家自然科学基金青年项目(31301388),湖南省自然科学基金(14JJ3092),湖南省科学技术厅科技计划项目(2014GK3046),湖南农业大学大学生创新性实验计划项目(71),中国博士后面上项目(2014M562109)

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柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,CoxA16)病毒是引起手足口病(Hand,footandmouthdisease,HFMD)的主要病原体。为了解不同地区CoxA16病毒株的系统进化关系,收集了NCBI数据库中注释有具体地区分布的23条CoxA16全基因组序列,分别采用Kimura2-parameter法和E距离法对病毒株进行亲缘关系分析。结果表明,基于E距离的系统进化树最大程度地吻合了Kimura 2-parameter遗传距离法构建的系统进化树,且E距离法普适性较强,颇具应用

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