基层医疗卫生机构在会计核算方面采用的是集中核算的方式,在实现了会计的集中核算以后,基层医疗卫生机构的发生面临着很大的不同。实行了会计集中核算以后,基层医疗卫生机构的会计核算业务是独立于机构的,由专门的部门来进行核算,对医疗卫生机构的财务情况进行监督。集中核算能够更好的反映基层医疗卫生机构的会计收支活动,同时可以更好建立财产管理制度,使得会计核算更加的专业化。但是,实行会计集中核算还是要面临很多的问题的,会计的集中核算使得医疗卫生机构的外部监督得到了加强,但是机构的内部牵制机制就逐渐失去了作用,这样就使得机构的财务状况不能很好的在机构中得到了解,同时使得医疗卫生机构的财务收支透明度出现了下降的情况。一旦核算中出现问题,对责任的划分也是非常困难的,为了更好的实现集中核算制度对出现的问题要及时进行处理。