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去开隆起区基底具双层结构特点，深层次基底包包括早－中元古代中深变质岩系和由基重熔而成的混合岩及花岗岩，其中的钾长球斑花岗岩具岩浆成因特征，结晶年龄为３９００－５１０Ｍａ。云开隆起区基底形成之后，经历了自晋宁期以来的长期而复杂的变质变形演倾，地加里东期形成的变质核杂岩或穹隆构造，奠定了云开隆起区的基本结构格局。