随着经济体制的根本变革,我国农村经济自改革开放以来得到了快速发展,但是农业生产风险问题依然存在。其中,云南南部边境热带亚热带山区贫困问题突出,农作物种类繁多且利润风险不同。基于2015年云南南部边境山区366户农户的微观问卷调查数据,采用标准差和因子分析方法,分析云南南部边境山区不同种植结构农户的收入及作物投入产出,探讨不同种植结构条件下的利润风险。结果表明,云南南部边境山区种植结构呈现多样化发展形式,经济作物以甘蔗、香蕉、咖啡、茶叶为主,粮食作物以玉米、水稻、旱稻为主。在市场经济发展条件下,不同种植结构的利润风险差异显著。其中,单项农作物种植的利润风险普遍高于多项农作物种植,而多项农作物种植的种植结构中,经济作物种植面积占比高于50%的种植结构,其利润风险普遍低于经济作物种植面积占比低于50%的种植结构,但利润则正好相反。当前,云南南部边境山区的种植结构以经济作物种植面积占比低于50%为主,结构调整的方向是良性的但利润风险较高。因此,在保障粮食生产的基础上,需顺应云南市场经济发展的方向,依托农业企业引导农户结合当地实际发展经济作物,调整种植结构降低利润风险。