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利用菌群重建治疗疾病的临床证据越来越多,但是难以理解菌群重建治疗抗生素相关性菌群失调之外的其他疾病。反思微生物的属性、传统疾病分类的局限性和人体微生态的整合性,则可更好理解:菌群重建只治疗菌群失调相关性疾病。文中重点对微生物的致病性和益生性、粪菌移植的极端性、传统疾病分类的局限性、预测菌群重建对菌群失调相关性疾病的治疗预期、整合人体微生态学方面进行详细阐述,以期为认识和诊疗菌群失调相关性疾病提供新思路。